مأموریت مرکز ریشه در نیازهای واقعی نظام سلامت دارد؛ نیاز به تولید دانش معتبر، توسعه ابزارهای علمی و ارائه تحلیلهایی که تصمیمگیری در سطح مدیریتی و سیاستگذاری را تقویت کند. این مأموریت بر آن است که تحقیقات سلامت نه بهعنوان فعالیتی صرفاً دانشگاهی، بلکه بهعنوان فرایندی تأثیرگذار بر کیفیت خدمات و پیامدهای سلامت جامعه دیده شود. مرکز در راستای این مأموریت خود تلاش میکند ابزارهای دقیق سنجش، روشهای ارزیابی علمی و تحلیلهای مبتنی بر شواهد را توسعه داده و در اختیار بازیگران اصلی عرصه سلامت قرار دهد.
این مأموریت همچنین بر ضرورت ایفای نقش فعال در اجرای پژوهشهای کاربردی، توسعه کارآزماییهای بالینی، بومیسازی ابزارهای سنجش و ایجاد زیرساختهای دادهای استاندارد تأکید میکند. مرکز خود را مسئول آن میداند که حلقه ارتباطی میان پژوهشگران، مدیران و سیاستگذاران باشد و با ارائه شواهد معتبر، فرایند اصلاحات سلامت را تسریع و تقویت کند. مأموریت مرکز تنها به تولید دانش ختم نمیشود، بلکه شامل انتقال، تفسیر و بهکارگیری آن در بطن نظام سلامت نیز هست.
