اهداف معاونت: 

- ارتقای کیفیت خروجی فعالیتهای پژوهشی و تبدیل به یکی از دانشگاههای برتر کشور در خصوص کیفیت پژوهشها

- ارتقای تحقیقات بالینی، نظام مراقبت بیماریها، مباحث بهداشت عمومی و عوامل اجتماعی موثر بر سلامت و تبدیل به یکی از دانشگاههای برتر کشور در این زمینه

- ارتقای تحقیقات بر روی عوامل زیست –محیطی (بهداشت محیط) موثر بر سلامت و تبدیل به یکی از دانشگاههای برتر کشور در این زمینه

- ارتقای تحقیقات در زمینه تحقیقات روی بیماریهای مشترک بین انسان و دام و تبدیل به یکی از دانشگاههای برتر کشور در این زمینه

- ارتقای تحقیقات در زمینه موش ترانسژنیک و تبدیل به دانشگاه برتر کلان منطقه و یکی از دانشگاههای برتر کشور در این زمینه

- شناسایی و ارتقای حیطه های سرامدی دانشگاه و اصلاح فرایندهای مرتبط

- ارتقای برنامه تربیت محققین و دانشمندان جوان و تبدیل به الگوی موفق کشوری

- ارتقای فرایندهای اخلاق زیستی در دانشگاه و تبدیل به الگوی موفق کشوری

- ارتقای فرایندهای فناوری سلامت در دانشگاه و تبدیل به الگوی موفق منطقه ای خصوصا در زمینه نانوتکنولوژی